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DiagnoseEs muss ein systematischer Ausschluss aller möglichen Differenzialdiagnosen erfolgen; bei Kopfschiefhaltung müssen insbesondere mögliche Otitiden und Schädeltraumata abgeklärt werden. Bei Lähmungserscheinungen kommen als Differenzialdiagnosen in erster Linie Wirbelsäulentraumata sowie die Meerschweinchenlähme in Betracht. Antikörper gegen Encepaholitozoon cuniculi können serologisch nachgewiesen werden und so die Verdachtsdiagnose stützen.